การปฏิรูปศาสนาของนิกายโปรเตสแตนต์ เกิดขึ้นในคริสต์ศตวรรษที่ 16 และเสร็จสิ้นลงด้วยสนธิสัญญาสันติภาพเวสต์ฟาเลีย ค.ศ. 1648 ซึ่งแบ่งออกเป็น 2 กระแสใหญ่ ๆ คือ

1. การปฏิรูปภายนอกที่แบ่งศาสนาคริสต์ออกเป็น 2 นิกายคือ โรมันคาทอลิก และโปรเตสแตนต์
2. การปฏิรูปภายใน ที่แก้ไขความเสื่อมโทรมของศาสนา และสถาบันสันตะปาปา เพื่อต่อสู้ไม่ให้ชาวยุโรปหันไปนิยมนิกายโปแตสแตนต์ที่เกิดขึ้นใหม่

โดยการปฏิรูปนั้นเริ่มต้นจากหลายๆทาง